모든 操作을 터치로 한다! 一部버튼을 쓰는 操作이 있긴 하지만 아이템을 빨리 使用하기 爲한 短縮키程度이고, 버튼이 必要한 動作은 一時停止로 끝이다. 게임을 하는 내내 터치펜을 使用하는 것이 基本이다.
플레이에는 DS의 아래畵面을 主로 使用하게 되어있다. 主人公인 링크를 움직이는 것부터 터치로 操作하며, 움직이고 싶은 方向을 繼續 터치하면 된다. 뛰려면 더 멀리 터치, 걸으려면 가까운 곳을 터치, 畵面 끝에서 동그랗게 문지르면 구를 수 있다. 物體를 調査하려면 그 物體를 짧게 터치하면 되는데, 누른게 사람일 境遇對話하기, 항아리나 바위를 터치하면 들어올리기, 들어올린 狀態에서 바닥을 터치하면 該當地點으로 던지기 等等基本的인 移動과 相互作用부터 모두 터치로 解決한다. [2]
當然히 武器나 아이템을 使用하는 것도 모두 터치로 操作한다. 아이템別操作法은 後述.
平時에 위畵面에는 現在位置한 地域의 地圖가 表示된다. 畵面을 轉換하여 터치펜으로 地圖위에 메모를 할 수 있다. 플레이中 뭔가 重要해보이는 情報를 들었을 때 메모를 해서 나중에 參考하는 式으로 活用하는 것이 普通이지만, 여기서 끝나지 않고 强한 몬스터의 出現地點이나 移動經路를 메모해서 避해다니며 潛入플레이를 하거나, 아예 메모機能으로 作動할 수 있는 裝置나 메모를 해야만 풀 수 있는 수수께끼도 나오기 때문에 플레이中에 NPC들도 이를 誘導하는 말을 한다.
海王의神殿에서 라인벡 船長을 救出한 後로 라인벡의 배를 타고 出港할수 있게 된다. 배로 移動할 때 機關室은 라인벡이 맡고 航路는 플레이어가 直接線을 그어서 定하게 된다. 各섬에 있는 船着場 아이콘까지 線을 긋고 移動해서 섬에 上陸할 수 있다.
航海中에는 몬스터나 바위, 爆彈같은 障碍物이 앞에 나타날 수 있으므로 周邊을 確認하면서 進行하게 된다. 배에 大砲를 裝着한 後로는 몬스터를 相對할 수 있게 된다.
航海中에는 몬스터에게 攻擊當하거나 障碍物에 부딪히면 主人公의 體力이 깎이는 代身 배가 損傷된다. 배의 耐久度는 航海時體力과 같은 位置에 綠色으로 表示되며, 消盡되면 當然히沈沒하며 게임 오버. 배가 損傷된 境遇에는 섬에 上陸하면 回復되며, 最大耐久度는 部品을 같은 시리즈로 맞추면 오른다.
航海中에 可能한 미니게임으로 낚시와 '미니크레인'이 있다. 그中 미니크레인은 스토리 進行에 必要한 아이템을 獲得하는데 쓰이기 때문에 한番以上은 꼭 하게 된다.
前作에서 나온 '테리의 배' 商店도 登場한다. 主로 寶物이나 배 部品을 販賣하는데, 가끔 가다 하트 그릇이나 아이템 업그레이드도 팔기도 한다.
배의 부품은 디자인別로 8種類, 처음부터 갖고 始作하는 基本部品을 除外하면 8가지 디자인이 있으며, 같은 디자인으로 맞춰 構成할 境遇 배의 耐久度가 오른다.
寶物이나 배의部品은 鑑定所에 가서 값을 確認하고 賣却할수있는데, 每게임마다 價格設定이 다르다. 卽, 헐값에 팔수밖에없는 아이템도 다른 사람이 하는 게임에서는 高價로 取扱될수도 있다는 것이다. 寶物과 배의部品은 엇갈림通信으로 交換하는機能이 있어 싼物件을 올려두고 비싼것이 나올때까지 交換하는 式으로 돈을 벌수도 있다.
